La Mesa de Café de la Región Trifinio tiene como organismos de base los Comité Nacionales, los cuales son los enlaces y coordinación del trabajo de la MCT en sus países; su creación es reconocida por acuerdo del Comité de Conducción Estratégico Político.
Los Comités Nacionales deben coordinar entre sí sus funciones y nombrar, en lo posible, delegados en los diversos municipios productores de café, en su respectiva área nacional de la Región Trifinio, los que mantendrán informados a los socios de los temas que corresponda, así como al Comité de Conducción Estratégico Político.